Les municipalités régionales de comté (MRC) furent créées, en vertu de la Loi sur l'aménagement et l'urbanisme, à partir de 1979 et remplacèrent les conseils de comté. C’est le 1er avril 1981, lors de la création de la municipalité régionale de comté desservant, à ce moment, le territoire des municipalités locales de Percé à Port-Daniel-Est inclusivement, que le nom de « Pabok » fut attribué à celle-ci. Le terme « Pabok », d’origine micmaque, signifie « eaux dansantes » ou « courant tranquille » et correspond à une forme ancienne du terme « Pabos ». Ce dernier apparaît pour la première fois en 1815 dans la « Description topographique de la province du Bas Canada » de Joseph Bouchette. Auparavant, le terme « Pabos » se présentait sous diverses graphies telles que Pabo, Pabeau, Pas-bos, mais désignait sensiblement le même territoire.
Afin de représenter plus efficacement son territoire et de permettre sa localisation géographique à l’échelle provinciale, la municipalité régionale de comté de Pabok entreprit, à la fin des années 1990, des démarches visant un changement d’appellation. La vocation touristique de la MRC et la présence du majestueux rocher Percé de renommée internationale ne laissaient aucun doute de la pertinence de retenir Rocher-Percé pour sa nouvelle désignation. Ainsi, le conseil de la MRC a demandé à l’unanimité le changement de nom de la MRC à la ministre des Affaires municipales et de la Métropole de l’époque, madame Louise Harel. Celle-ci donna un avis dans la Gazette officielle du Québec du 17 juillet 1999, 131e année, no 29, qu’elle approuvait en date du 28 juin 1999, conformément à l’article 210.18 de la Loi sur l’organisation territoriale municipale (L.R.Q., c. 0-9), la demande de changement de nom de la municipalité régionale de comté de Pabok pour celui de « Municipalité régionale de comté du Rocher-Percé ». Depuis, plusieurs organismes œuvrant sur le territoire ont accolé ce toponyme à leur désignation.
Lors de la création de la MRC en 1981, le principal mandat consistait à encadrer le développement régional et l’aménagement du territoire en se dotant d’un schéma d’aménagement. Encore aujourd’hui, l’aménagement du territoire reste l’un des principaux mandats de la MRC auquel s’ajoutent d’autres responsabilités dont notamment la gestion des cours d’eau, le développement économique, la gestion des matières résiduelles, l’évaluation foncière et la gestion de programmes de soutien à la rénovation et d’adaptation de domicile.