L'entrée en vigueur de la Loi sur les compétences municipales a amené un nouveau cadre législatif régissant la gestion des cours d'eau municipaux. La nouvelle loi remplace, modernise et simplifie une centaine de dispositions du Code municipal en cette matière. Elle confirme la compétence des MRC relativement aux cours d'eau.
La seule obligation des MRC en matière de cours d'eau est de rétablir l'écoulement normal des eaux lorsqu'elle est informée d'une obstruction qui menace la sécurité des personnes ou des biens. Les propriétaires riverains ont la responsabilité première de voir à ce qu'aucun embarras ne se retrouve dans les cours d'eau. La MRC doit toutefois intervenir, aux frais de ces propriétaires, si ces derniers n'agissent pas et que des dommages sont imminents.
Les obstructions les plus souvent rencontrées dans les cours d'eau de notre région sont les ponceaux en mauvais état, les barrages de castors, les amas importants de sédiments ou de végétation aquatique, les branches, les embâcles de glace et les décrochements de talus.
En mars 2008, la MRC du Rocher-Percé a adopté une Politique de gestion des cours d'eau municipaux. Celle-ci prévoit notamment que les municipalités locales doivent assumer certaines responsabilités à l'égard des cours d'eau sur leur territoire municipal.